日本馆是一个半圆形修建，外面罩着一层紫色的薄膜状物质。几处触角和凹穴规划使得整个场馆成为一个“呼吸的生命体”，表达了人类心脏和科技之间的调和。日本馆被我国人民戏称为“紫蚕岛”。

  日本馆运用的动力来自于躲藏在外部双层膜结构中的太阳能蓄电池，凹穴部分则可以搜集雨水并将之喷洒在展馆的外部外表以坚持凉快的温度。整个展馆分为曩昔、现在和将来三部分展区。

  人们将会阅历一次从古代到未来的时空之旅。在“曩昔展区”，中日两国的友谊将是要点展现的内容。唐朝（公元前618年到公元前907年）使节出访日本等历史事件以及西阵织等专业方面技能也在展现之列。日本的现代节能和水净化技能将会出现在“现在展区”的展现中。这一部分的展现将会集在三个方面：水源维护、全球变暖以及老龄化问题。“未来展区”将表演由中日导演一起执导的一部现代歌剧。

  日本在世博期间表演的重头戏是一部歌剧，这部歌剧讲的是日同解救一种濒临灭绝的稀有鸟类的故事。朱鹮在20世纪70年代被列为濒危鸟类。我国政府在20世纪90年代开端向日本供给朱鹮种群，使得这一濒危鸟类得以在那里持续繁殖生计。这部歌剧结合了我国的昆曲和日本传统能剧的特色体现了两国的友谊和文化交流。

  日本的公司将会在展馆中要点展现他们最前沿的科技成果，这中心还包含可以把污水转变为饮用水的机器，踩上去就能发电的地板，以及智能机器人和日本最先进的轿车等。到时，将会有几个机器人用小提琴为游客演奏，游客还会看到一面带有虚拟电视机、挂钟和书架的电子墙，这面墙被称为“生命墙”。

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